Osaühing Saaremaa Prügila asutati Kuressaare linna, Kaarma ja Pihtla valla poolt 2. märtsil 2007.
Haldusreformi järgselt, alates 1. jaanuarist 2018. sai Osaühingu Saaremaa Prügila ainuosanikuks Saaremaa vald. Saaremaa vald sai osanikuks ka Maasi Jäätmehoolduse Osaühingus, mille teine osanik oli Muhu vald.
Saaremaa valla haldusterritooriumil jäid tegutsema kaks sama tegevusalaga äriühingut – Osaühing Saaremaa Prügila ja Maasi Jäätmehoolduse Osaühing. Saaremaa ja Muhu Vallavolikogu otsustasid ettevõtted ühendada ning senist tegevust jätkab Osaühing Saaremaa Prügila. Notariaalne ühinemisleping allkirjastati 25.04.2019. Ühendavateks ühinguteks olid Osaühing Saaremaa Prügila ja Maasi Jäätmehoolduse Osaühing.
Ühinemise järgselt kuuluvad Osaühingule Saaremaa Prügila Kudjape ja Maasi jäätmejaamad. Alates 01.02.2020. on jäätmejaamad antud rendile Osaühingule Paikre. Jäätmejaamades opereerib OÜ Paikre koostööpartner OÜ Kudjape Ümberlaadimisjaam.
Osaühing Saaremaa Prügila peamisteks tegevusaladeks on jäätmejaamade rendile andmisega seonduv tegevus ning jäätmehoolduse arendamine Saaremaa valla haldusterritooriumil, samuti suletud Kudjape prügila järelhooldus ja seire.